Bộ phim Lệnh Hoàng Đế lấy bối cảnh tại quần đảo Moonshade, nơi trú ngụ của tộc You, một dân tộc bí ẩn và giàu tài nguyên uranium quý giá. Mặc dù chứa đựng nhiều giá trị, vùng đất này lại trở thành tâm điểm của nhiều thế lực muốn chiếm đoạt. Với việc vua già bị ám sát trong quá trình xung đột, ông đã ủy thác cho đệ tử bí mật của mình, Li Yeabai, người đứng đầu tổ chức sát thủ Phantom Empire, nhiệm vụ tìm kiếm sự thật và thực hiện trả thù. Đồng thời, Li Yeabai cũng được giao phó bảo vệ nữ hoàng mới, Yu Luoshang, người là con gái của vua già. Qua câu chuyện này, bộ phim muốn tôn vinh tinh thần yêu nước và thể hiện sự đấu tranh không ngừng nghỉ của một thủ lĩnh dân tộc bí ẩn trong việc bảo vệ tài nguyên quý giá của quê hương khỏi sự xâm lấn từ bên ngoài.